《奈克瑟斯奥特曼EX：诗织-失落的记忆-》是《奈克瑟斯奥特曼》特别篇，由北浦嗣巳导演、赤星政尚编剧。另外，本集未曾在电视插放，只在DVD版发行。

故事发生在遥远的未来，肆虐的异生兽给人类的安全带来了巨大的困扰，为了抵挡异兽的进攻，日本政府成立了防卫组织TLT，其中，夜袭队拥有着最强大的实力和最强劲的武器，是整个组织内部的中坚力量。然而，面对经过了进化的新型异生兽，夜袭队亦束手无策，在这个节骨眼上，光之巨人奈克瑟斯奥特曼和它的适能者姫矢准（桐岛优介 饰）出现了。在奈克瑟斯奥特曼创造出的美塔领域中，奥特曼和异兽之间展开了激烈的斗争。孤门一辉（川久保拓司 饰）是TLT里的新进成员，当他目睹了奈克瑟斯奥特曼强大的力量后，开始对奥特曼的起源和姬矢准的神秘过往产生了兴趣。

摄影师増岡（塚本晋也 饰）性格压抑，对人类的恐惧有浓厚的兴趣。一日他凑巧拍下了陌生男子阿礼在地铁刺瞎自己的右眼，増岡反复研究录像，并为实地考察阿礼自残的原因回到现场，他从地铁的设备管道深入地下，惊见已经泯灭的地下文明遗址，并带回一名被锁在遗迹中的赤裸女子。増岡称女子为“F”，自此他和F同居一室，并每天工作时借视频手机观察F的举动，F不吃不喝，生命逐渐垂危。増岡偶然发现F吸食血液，于是割伤自己为其续命，不久増岡即发展到杀害陌生女人取血的地步。但F在人类世界难以生存，逐渐麻木的増岡在同F的关系中体味到了真正的恐惧……本片获2005年布鲁塞尔国际幻想电影节金乌鸦奖。

ZAP SPACY收到了求救信号，雷等人迅速驾驶盘龙号前往，但却被吸进扭曲空间。在扭曲空间的一颗惑星上，雷他们遇见了其他次元的自己，并且出现了一头机械哥莫拉。 原来在这个星球上，莎乐美星人正在进行秘密试验，令所有次元的联系都集结在一起。雷召唤哥莫拉迎战机械哥莫拉不敌，正当危急之际，赛罗奥特曼出现营救。而为了计划的继续进行，莎乐美星人启动了黑暗独眼巨人赛罗。