由于接二连三发生离奇事件，泊进之介和诗岛雾子奉命来到天空寺，希望作为目击证人的月村明里（大泽光 饰）和天空寺尊（西铭骏 饰）能协助弄清事件背后的真相。而当他们抵达天空寺的时候，却发现尊正和眼魔陷入苦战。进之介化身为假面骑士Ghost加入战斗，就在此时时空不知被什么扭曲，进之介和尊瞬间回到了十年前。在那里，天空寺尊看到了本应去世的父亲龙（西村和彦 饰）和孩童时候的自己。另一方面，由于两人误入时空乱流的缘故，当下时间里本应该被假面骑士Drive消灭的Roidmude再度复活。为了阻止恶魔的进犯，假面骑士Specter、Mach、Chaser相继出现，与对手展开了一场正邪大较量。谁曾想复活后的Roidmude实力空前强大，尊和进之介如果不能及时返回本来的世界，人类必将面临灭亡的危险。但是尊发现父亲马上要被敌人夺去性命，他决心留在过去改变父亲的命运。殊不知，自己正一步步走入世纪天才里昂纳多·达芬奇精心布置的陷阱之中……

20世纪70年代，假面骑士1号和2号联手打败了邪恶组织修卡，但是神秘而邪恶的假面骑士3号突然出现，以压倒性的实力击败了1号、2号，世界的历史就此发生改变。21世纪，原本生活在和平自由年代下的民众，突然委身于修卡团伙的统治之下。曾经正义一方的泊进之介（竹内凉真 饰）则沦为修卡特状课的走狗。修卡丧尽天良，从小污染少年儿童纯洁的心灵。假面骑士BLACK南光太郎（倉田てつを 饰）决不允许如此恶行发生，他孤身一人和修卡展开对抗，而进之介则与之展开连番对抗。战斗之中，光太郎的义举和修卡的丑恶行径让进之介的良心大受触动。而就在此时，假面骑士3号的变身者黑井响一郎（及川光博 饰）突然出现，他正是左右着历史进程的关键人物……